Det første Kegnæs fyr blev etableret i 1845 og bestod af et tårn sammenbygget med fyrmesterboligen. I forbindelse med den 2. Slesvigske krig overgår fyret i 1864 til de tyske myndigheder.
I 1896 opføres det nuværende 18 høje tårn og fyret blev ved samme lejlighed omdannet til vinkelfyr med blink karakter, hvor jalousier i lanternen sørgede for frembringelse af blinkgrupperne.
Det gamle fyr fra 1845 er for længst fjernet, men den oprindelige fyrmesterbolig findes stadig og fungerer i dag som privatbolig.
Ved afslutningen af 1. verdenskrig overleveres fyret i juli 1920 af Regierungs- und Baurat Michels, som repræsentant for Regeringspræsidenten i Slesvig, til Fyringeniør F. N. Brinch. Samme år blev der monteret glødenetsbrænder til petroleum og i årene efter opførtes en ny fyrmesterbolig.
Om sommerem er fyret åbent, og udsigten kan nydes til Broagerland, Tyskland og de sydfynske øer, Ærø og Langeland.
Fra Fyret går Kegnæs Stien langs vestkysten med udsigt over Broagerland og ud til Kegnæs Ende, hvorfra Høruphav kan ses.